在这个时期里，对外的方面，还是没有办法。俺答不断地向北京外围----古北口、通州、蓟州、大同、宣化----进攻，国家底政治中心，成为他底最后的目标。东南的倭寇，也是不断地进犯。他们没有远大的计划，但是全国富庶之区，长时期受到他们底蹂躏。内政方面，当然也谈不上什么地方治安。居正回到翰林院以后，曾经说起：
长安碁局屡变，江南羽檄旁午，京师十里之外，大盗十百为群，贪风不止，民怨日深！倘有奸人乘一旦之衅，则不可胜讳矣。非得磊落奇伟之士，大破常格，扫除廓清，不足以弭天下之患。顾世虽有此人，未必知，即知之，未必用。此可为慨叹也。（书牍十五《答耿楚侗》）
这个磊落奇伟之士，正在那里等待时机。徐阶是他底知己，但是徐阶没有用他的机会。严嵩把他当一个文士，没有注意。世蕃认为自己和陆炳、杨博，是天下三大奇才，也没有注意。居正对于严嵩父子，只是一味地恭维。后来严嵩底夫人死了，居正在祭文中称颂他们父子：
惟我元翁，小心翼翼，谟议帷幄，基命宥密，忠贞作干，终始惟一，夙夜在公，不遑退食。…………笃生哲嗣，异才天挺，济美象贤，笃其忠荩，出勤公家，入奉晨省，义方之训，日夕惟谨。（文集十《祭封一品严太夫人文》）
这是后事，但是很可看出居正对于严嵩父子是怎样地应付。
正和居正所说的一样，翰林院是一个“敦本务实，以眇眇之身，任天下之重，预养其所有为”（文集六《翰林院读***》）的地方。在这里他做过培养的工夫，也曾想到实际的事业。尽管别人当他一个文士看，但是他底个性，在书牍里，已有不少的流露：
中世以后，大雄之法，分为宗、教二门。凡今吾辈之所讲研穷究，言语印证，皆教也。若夫宗门之旨，非略象忘诠，真超玄诣，诓可易言。然宗由顿契，教可依通，譬之法雨普沾，随根领受。而今之学者，皆舍教言宗，妄意揣量，执之为是；才欲略象，而不知已涉于象；意在忘诠，而不知已堕于诠。此竖拳喝棒、狗子矢橛之徒，所以纷纷于世也。（书牍十五《答周鹤川乡丈论禅》）
近日静中，悟得心体原是妙明圆净，一毫无染，其有尘劳诸相，皆由是自触。识得此体，则一切可转识为智，无非本觉妙用。故不起净心，不起垢心，不起著心，不起厌心，包罗世界，非物所能碍。（同卷《寄高孝廉元谷》）
《易》所谓“困亨”者，非以困能亨人，盖处困而不失其宜，乃可亨耳。弟甚喜杨诚斋《易传》，座中置一帙，常玩之。窃以为六经所载，无非格言，至圣人涉世妙用，全在此书，自起居言动之微，至经纶天下之大，无一事不有微权妙用，无一事不可至命穷神。乃其妙，即白首不能殚也，即圣人不能尽也。诚得一二，亦可以超世拔俗矣。兄固深于易者，暇时更取一观之，脱去训诂之习，独取昭旷之原，当复有得力处也。（同卷《答胡剑西太史》）
学问既知头脑，须窥实际。欲见实际，非至琐细，至猥俗，至纠纷处，不得稳贴，如火力猛迫，金体乃现。仆颇自恨优游散局，不曾得做外官。今于人情物理，虽妄谓本觉可以照了，然终是纱窗里看花，不如公等只从花中看也。圣人能以天下为一家，中国为一人，非意之也，必洞于其情，辟于其义，明于其分，达于其患，然后能为之。人情物理不悉，便是学问不透。孔子云：“道不远人。”今之以虚见为默证者，仆不信也。（同卷《答罗近溪宛陵尹》）
居正底时代，恰是一陽一明之学盛行的时代。这一派底学问，融合儒家、释家底言论，而最后的目标是在事功方面的表现。居正所谓“本觉可以照了”，正是一陽一明学派底启示。但是他对于这一派的讲论，始终采取不妥协的态度。嘉靖三十二----四年间，聂豹在北京讲学的时候，居正直谓“近时论学者，或言行颇不相复，仆便谓其言尽不足信，是以孤孑迄于无闻。窃谓学欲信心冥解，若但从人歌哭，直释氏所谓阅尽他宝，终非己分耳。”（书牍十五《启聂司马双江》）其后居正当权，禁止讲学，只是这个态度底演变。但是他说“信心冥解”，其实还是心学底学风。用这个学风治经，当然只有“脱去训诂之习，独取昭旷之原”。万历八年，居正答朱睦【木挈】论春秋云，“春秋本鲁史旧文，仲尼稍加笔削，盖据事直书，而美恶自见，非有意于褒贬也。自三传启穿凿之门，世儒袭见闻之陋，圣人记事之意，寖以弗存。所谓以小人之腹，度君子之心！”（书牍十二《答周宗侯西亭言春秋辩疑》）主张还是如此。
嘉靖三十七年，戊午，崇端王翊【钅爵】袭封，居正奉命到汝宁册封崇王。汝宁去江陵不远，居正便道回家，这是他最后一次看到他底父亲。万历六年三月居正上《再乞归葬疏》：“痛念先臣生臣兄弟三人，爱臣尤笃。自违晨夕十有九年，一旦讣闻，遂成永诀。”其言指此。在他回家的时间，依然免不了辽王宪【火节】底纠缠。《种莲子戊午稿序》，是一篇奉命的文章。序言“今年秋，以使归谒王，王手诗三册曰，此近稿也。不佞受而读之”，可证。“种莲子”是辽王宪【火节】底别号。
就在这一年，严嵩和徐阶底斗争，逐渐具体了。嘉靖三十七年三月，刑科给事中吴时来、刑部主事张翀和董传策同日上疏，弹劾严嵩。时来疏称：
顷陛下赫然震怒，逮治偾事边臣，人心莫不欣快。边臣群軍朘军实，馈执政，罪也。执政受其馈，朋奸罔上，独得无罪哉！嵩辅政二十年，文武迁除，悉出其手，潜令子世蕃出入禁所，批答章奏，世蕃因招权示威，颐指公卿，奴视将帅，筐篚苞苴，辐辏山积。犹无餍足，用所亲万寀为文选郎，方祥为职方郎，每行一事，推一官，必先秉命世蕃而后奏请。陛下但知议出部臣，岂知皆嵩父子私意哉！他不具论，如赵文华、王汝孝、张经、蔡克廉，以及杨顺、吴嘉会辈，或祈免死，或祈迁官，皆剥民膏以营私利，虚官帑以塞权门。陛下已洞见其一二。言官如给事中袁洪、张璒，御史万民英，亦尝屡及之。顾多旁指微讽，无直攻嵩父子者。臣窃谓除恶务本，今边事不振，由于军困，军困由官邪，官邪由执政之好货，若不去嵩父子，陛下虽宵旰忧劳，边事终不可为也。（用《明史卷二一〇吴时来传》节录本）
张翀疏称：“臣每过长安街，见嵩门下，无非边镇使人，未见其父，先馈其子，未见其子，先馈家人。家人严年，富已逾数十万，嵩家可知。私藏充溢，半属军储，边卒冻馁，不谋朝夕，而祖宗二百年豢养之军，尽耗弱矣。边防既隳，边储既虚，使人才足供陛下用，犹不足忧也。自嵩辅政，藐蔑名器，私营囊橐，世蕃以驵侩资，倚父虎狼之势，招权罔利，兽攫鸟钞，无耻之徒，络绎奔走，靡然从风，有如狂易，而祖宗二百年培养之人才尽败坏矣。”传策疏中，更列举严嵩坏边防、鬻官爵、蠹国用、党罪人、一騷一驿传、坏人才六罪。三人同日上疏，同样着重边防，很容易引起严嵩底猜疑。
严嵩看见吴时来、张翀，都是徐阶底门生，董传策是徐阶底同乡，认定有人主使。便一力在世宗面前挑拨。世宗不听，后来时来遣戍横州，张翀遣戍都匀，传策遣戍南宁，比杨继盛底惨祸，显然不同。徐阶底地位，已经逐渐提高了，对于他们，隐隐地成为保障。以后穆宗即位，徐阶当权的时候，三人都起复原官。
嘉靖三十八年五月，徐阶晋吏部尚书。这是一个崇衔，因为实缺的吏部尚书还有吴鹏。三十九年徐阶再从少傅晋太子太师，就在这一年，居正从翰林院编修，升右春坊右中允，管国子监司业事。
翰林院编修正七品，右中允正六品，在官阶上进了一品。明代有左春坊、右春坊，管太子奏请、启笺及讲读之事，长官为春坊大学士，其次则有庶子、谕德、中允、翊善，司直郎等官。但是后来都成为翰林官升转的虚衔，没有一定的职务。所以居正实际的职务，只是国子监司业。明代南北两京都有国子监，是当时的国立大学，但是因为只有两个国子监，所以比现在的国立大学，地位更加隆重。国子监底长官是祭酒，其次是司业，就是国立大学校长和副校长。在居正当司业的时候，国子监祭酒是高拱。徐阶、高拱、张居正，是嘉靖末年直到隆庆六年政治界的三个主要人物。
高拱新郑人，字肃卿，又号中元。嘉靖二十年进士。曾为裕王侍讲九年，和裕王的关系很深。世宗自庄敬太子死后，不立太子，裕王便是实际的太子。东宫宫僚，照例是大学士的候补人，所以严嵩、徐阶当政的时候，对于高拱，都是非常地器重，以后高拱升国子监祭酒，便是他们底主张。高拱和居正在国子监同事的时候，他们互相了解，都看到日后两人在政治界的地位。
嘉靖四十年春，俺答自河西踏冰人寇，七月犯宣府，九月犯居庸关。十一月俺答底侄儿吉能犯宁夏，进逼固原。十二月他底弟弟把都儿犯辽东盖州。这一年鞑靼底攻势虽不特别紧张，但是范围很广泛，正面的北方以外，东北和西北都受到他们底蹂躏。敬修《文忠公行实》，特别提到“四十年犯蓟”的记载。这一年鞑靼底进攻，给与居正一个新的刺激，大致他和敬修父子间常时谈到，后来便留下这个记载。
四十年十一月，西苑大火，世宗因为所住的永寿宫被毁，只得暂住玉熙殿。他看到地方又窄又小，和严嵩、徐阶计较。严嵩劝世宗仍还大内，不料触动了世宗无限的伤感。十九年以前，嘉靖二十一年十月底夜间，世宗宿在曹端妃宫里的时候，宫婢杨金英定谋，几乎把世宗勒死，幸亏方皇后来了，才把世宗救活。那时他在惊惶底中间，话都说不出来。方皇后传圣旨，把杨金英、曹端妃都杀了。杨金英的死不说了，世宗眼看端妃被杀，连申辩底机会也役有。端妃底冤枉，世宗是明白的，但是却怨不得救命的皇后。一个温馨的好梦，剩得血腥的回忆。从此以后，他不再回宫了，西苑是他底世界。“啊，严嵩，”世宗想，“大内是回不得的了！”在世宗沉吟底当中，徐阶早看到神态底不安。
“那倒不必，”徐阶说，“最近重盖奉天殿、华盖殿、谨身殿，所余的材料很多，交给工部尚书雷礼，用不到很久，尽可重盖一座。”
“就这样罢，”世宗高兴地说，一边加派徐阶底儿子徐璠为工部主事，负责督工。
嘉靖四十一年的春天，万寿宫盖好了，世宗住进以后，很得意，升徐阶为少师，兼食尚书俸，徐路也升太常少卿。从此严嵩底势力，逐渐地低落；徐阶底势力，便逐渐底高涨。
就在这年，御史邹应龙给严嵩一个严重的打击。初夏是多雨的时节，一个一陰一雨蒙蒙的日期，应龙在内监家里躲雨。淅淅的雨声在窗外打个不住，应龙和内监说：“近来内里有些什么事咧？”
内监当然知道的。但是说，“啊，说不得，说不得！”
这一来便引起邹应龙底追问。内监只得说道：
事情是这样的。内里来了一个蓝道士，叫蓝道行，扶得一手好鸾。皇上相信的了不得。一天皇上问乩仙，“天下为什么不治呢？”那时乩盘沙，沙地动，你看上面留着几个什么字？啊，说不得，说不得！九个大字，“贤不竟用，不肖不退耳！”皇上吃了一惊，便问贤不肖是那几个。乩仙判着，“贤如徐阶、杨博，不肖如嵩。”皇上又问“那么乩仙为什么不除他呢？”沙，沙，沙！又是一阵，乩盘上还是六个字，“留待皇帝自殛。”相公，你看怎样？当时皇上着实沉吟了一下，不知道是个什么意思。
一场雨声，透漏了内里底消息。看看雨也小了，邹应龙谢过主人，在风雨料峭中回去。这一晚他对着烛光发愁。严嵩是奸臣，凡是御史、给事中，都得替皇上除害。但是想起沈炼、杨继盛、吴时来底前途，何尝不值得担心？一封奏章，要是倒不了奸臣，至少便得充军三千里。可是也许皇上已经动心，只要再动一下，还愁倒不了一个严嵩！应龙真有些踌躇。朦胧之间，他竟昏昏地睡去了。他做了一个梦。据说是在东风中，他带着随从出去打猎。远远地看见一座高山，他对准放了一箭，那箭飕飕地不知那里去了。加上一鞭，他骑着马迎着东风走去，当前又是一座山，可是小得多了。山旁一座楼，下面全是田。田里只看到一堆米，米上盖了草。他晓得北方没有稻田，就算有一点罢，也不会在春天把米苫在田里。奇怪得很。不管他，且发一箭。不发还好，一发以后，只听到哗喇一声，象天塌下一样，米堆倒了！楼倒了，小山倒了，连带大山也倒了。这一场大乱，吓得应龙浑身大汗，原来是做了一个梦。
烛光在东风中摇恍，因为烛花长了，显见得黯淡了许多，满桌都是烛泪。应龙把烛花剪过，重新对着烛光沉思。据说当时他在桌上乱画着“高山，高山”几个字。模糊中他看到“山”字连到“高”字，正是严嵩底“嵩”！“好啊！”应龙拍着案，得到了新的启示。事情是容易了。东面的楼是“东楼”。他在桌上写一个“田”字，上面是“米”，“米”上加“艸”，明明是一个“蕃”字。他明白了，这一枝箭，不让它飕飕地落空，一定对准了射去。在烛光摇恍底当中，他起草，他誊清，一分钟没有放过。这是御史邹应龙底奏章：
更新于：2个月前
